Al comienzo, el Almería jugó durante tres temporadas consecutivas en la Regional Preferente de Almería hasta que logró subir a Tercera División en la temporada 1991-92. Tras el ascenso logra ascender nuevamente en la temporada 1992-93 a Segunda B, consiguiendo uno de los principales objetivos del club: el ascenso a Segunda en la temporada 1994-95. Esto supuso convertirse en el equipo más joven en participar en la LFP.
