El inicio no fue nada sencillo para el conjunto del Turia, y en enero el equipo se vio eliminado de Champions y muy alejado de los puestos altos en Liga con tan solo 23 puntos debido a los numerosos empates que cosechó fruto del pobre bagaje goleador, a pesar de haberse reforzado precisamente en ese aspecto. Y para Ecuador finalizó así su participación, cerrando las peores eliminatorias para Ecuador como local y de visita, quedando en la 8.ª posición con los 20 puntos. En marzo del 2021, las eliminatorias debían reanudarse con las fechas 5 y 6. Sin embargo, no se pudieron jugar debido a la pandemia de la covid-19. Las selecciones a las que se enfrentaría en estas fechas habrían sido Venezuela como visitante y Chile como local. En octubre de 2016 llegaron las fechas 9 y 10 de las eliminatorias, en la fecha 9, cerrando la primera ronda, Ecuador recibió la visita de Chile en Quito, donde los ecuatorianos ganaron por 3-0 con goles de Antonio Valencia, Cristian Ramírez y Felipe Caicedo. En la fecha 13, Ecuador viajó a Asunción para enfrentarse con Paraguay, donde perderían por 2-1 con goles de Bruno Valdez y Junior Alonso para los Paraguayos, mientras que Felipe Caicedo descontó por medio de un penal.
En el minuto 63, salió expulsado Junior Sornoza, dejando en desigualdad al cuadro tricolor. En la fecha 10, el cuadro tricolor visitó a Uruguay en Montevideo. En la fecha 14 Ecuador recibió a Colombia donde cayeron en casa por segunda vez en la Eliminatoria, por 0-2 con goles de James Rodríguez y Juan Guillermo Cuadrado bajando al sexto lugar. Bolivia abrió el marcador en el minuto 37, tras un pase preciso de Enrique Flores para que rematara cruzado el volante Juan Carlos Arce. En la presidencia de Carlos Villacís, el Bolillo fue contratado nuevamente el 12 de agosto de 2018 para la Copa América Brasil 2019. Hasta el momento han jugado partidos amistosos en septiembre contra Jamaica y Guatemala, 2-0 cada uno. El equipo se mantuvo durante toda la primera vuelta del campeonato en la parte baja de la clasificación, hasta que en el primer partido de la segunda vuelta, frente a la U. D. Almería, el entrenador José Luis Mendilibar fue destituido. El marcador en la capital ecuatoriana finalmente se abrió en el minuto 62, cuando la oncena local fue sorprendida con un contragolpe dirigido por Gianluca Lapadula, la figura del equipo peruano, entregó un pase preciso para el gol de Christian Cueva.
El 19 de julio llegó la confirmación desde esta y desde la RFEF de que el «nuevo» equipo podría competir en la categoría. Los siguientes meses son para el Granada meses de incertidumbre, como para el resto de equipos, ya que, se desconocía si se podría disputar lo que quedaba de liga, lo que hubiese supuesto un palo económico muy grande para todos los equipos de la competición, que iban a ver disminuidos sus ingresos por derechos de televisión, así como los de los patrocinadores. Granada se encontraba al borde del descenso. La Universidad se hizo cargo del Vegueta y lo convirtió en su sección de fútbol, cambiando su nombre a Universidad de Las Palmas de Gran Canaria Club de Fútbol, participando en la campaña 1996-97 con esta denominación. Durante esta época se anuncia la reanudación de las obras del Nou Mestalla y el nuevo proyecto sobre el mismo, equipaciones futbol baratas con idea de reanudar las obras a finales de 2022. En semifinales de la Copa del Rey el Valencia C.F. Numancia «B» 4.º clasificado del grupo al que venció 2-1, logrando clasificarse para la final de la promoción de ascenso en la que se enfrentó a la Gimnástica Segoviana C.F.
La vez que más cerca anduvo fue en 1954, cuando quedó subcampeón de su grupo de Segunda y participó sin éxito en una liguilla de play-off de ascenso a Primera división. En 1960, en la primera Eliminatoria, cambia botones por corchetes y usa tela espejo. El príncipe Alberto Víctor había visitado Turf Moor en octubre de 1886 cuando el Burnley enfrentó al Bolton Wanderers, en lo que fue la primera visita a un campo de fútbol profesional por parte de un miembro de la familia real. Y en la última fecha, los ecuatorianos recibieron la visita de Argentina en Quito, donde se despidieron de las eliminatorias con una nueva derrota por 1-3 con gol del ecuatoriano Romario Ibarra con el gol más rápido a los cuarenta segundos. En la fecha 14, el cuadro ecuatoriano visitó a Chile, en Santiago. La Selección Colombia enfrenta a la vigente campeona del mundo, España, en el Estadio Santiago Bernabéu con su segundo uniforme de colores azul y blanco. En la última fecha, Ecuador (ya clasificado) recibió a Argentina, en el Estadio Monumental de Guayaquil. Ecuador mantuvo su propuesta ofensiva y a pocos segundos del descanso Michael Estrada aprovechó un balón suelto dentro del área para poner la cuenta 2-0. En el arranque del segundo tiempo, Ecuador consiguió el tercer tanto, tras una acción colectiva entre Enner Valencia y Estrada.