Regresa a Tercera División en la temporada 2000-01. En la 2003-04 es subcampeón del grupo y se clasifica para el play-off de ascenso pero cae en la primera eliminatoria ante el CE L’Hospitalet. En los años 1970 y 1980, el 1860 Múnich estuvo entre la primera y la tercera división, pero últimamente se ha establecido
